Se estudió la variación genómica de más de mil individuos representantes de 20 poblaciones indígenas y 11 mestizas de México y se halló una sorprendente estratificación genética. Por ejemplo, los huicholes y los nahuas de Guerrero son un mismo pueblo. Estos últimos no tienen rasgos en común con los nahuas de Jalisco o del centro del país, excepto su lenguaje. En cambio, los tepehuanes están emparentados con los purépechas de Michoacán.
Los mayas de Campeche, mayas de Yucatán y mayas de Quintana Roo solo tienen en común el lenguaje. Los totonacas son una cruza de nahuas del centro y mayas de Campeche, así como los tzotziles son una mezcla genética de tojolabales y lacandones.
En cambio, los seris, los tarahumaras, los nahuas de Jalisco, zapotecas del norte, zapotecas del sur, mazatecas, mayas de Yucatán y mayas de Quintana Roo, quienes vivieron aislados dentro de sus nichos geográfico no se mezclaron con otros pueblos.
